Dopo la fuga da Napoli, Marino arriva a Roma, molto debilitato a causa del viaggio, e si ammala. Ma nonostante un primo periodo di stenti, inizia a conoscere alcuni esponenti della Chiesa Cattolica, che gli offrono protezione. Grazie ai loro servizi, entra a far parte della cerchia intellettuale attorno al monsignor Melchiorre Crescenzi. In questo periodo conosce anche alcuni membri dell'Accademia degli Umoristi, come Alessandro Passoni, Pietro Sforza Pallavicino e Agostino Mascardi.
Nel periodo romano, Marino scrive i suoi primi componimenti dal titolo "Le Rime", in cui è visibile ancora uno stile adolescenziale, con il quale descrive varie vicende di persone da lui incontrate nel corso della sua vita. Tale componimento verrà, poi, ristampato nel 1614 con il titolo "La Lira".
Nel 1603 entra al servizio del cardinale Pietro Aldobrandini, nipote di papa Clemente VIII, che gli offre protezione ed anche un posto nella sede papale di Ravenna, città nella quale Marino segue il cardinale dopo il suo trasferimento.