La crisi in senso stretto nacque poiché emerse una forte sfiducia nei confronti della scienza. La matematica, la fisica e la geometria, infatti, che erano il livello più alto da raggiungere, quindi da assumere come modello principale, vennero messe in crisi poiché alcune scoperte mostrarono che le scienze non avesserolla capacità di raggiungere l'onniscienza e, per forza di cose, l'interrogazione scientifica doveva interrompersi ad un certo punto.
Un esempio eclatante fu la geometria iperbolica che era (ed è) basata su modelli e postulati completamente diversi rispetto a quelli su cui fonda quella euclidea (quella classica che si insegna nelle scuole). Tale condizione screditava la geometria (e le scienze) poiché se con quella euclidea si pensava essere arrivati ad una verità unica ed assoluta, con la geometria iperbolica in concetto di unicità divenne sempre più labile. Estendendo questo discorso in generale a tutte le scienze si nota come la crisi del XIX secolo colpì in maniera trasversale un po' tutto il settore scientifico.