Locke distinse anche le qualità dei corpi. Tali qualità erano le primarie oggettive e le secondarie soggettive. Le prime erano idee esistenti concretamente (peso, forma, grandezza), le seconde esistevano solo come idee stesse (odore, colore, sapore). Ciò contraddiceva alcune affermazioni precedenti. Locke però sottolineò che le idee potevano esistere anche al di fuori dell'uomo. Da qui nacque la critica all'idea di sostanza. Questa la considerò inconoscibile e pertanto sfociò nella metafisica (che riportò a ciò che aveva prodotto l'uomo, ovvero Dio).
La filosofia di Locke segnò in modo radicale e profondo il modo di pensare dell'umanità. Diffuse idee nuove ed innovative, suscitando dubbi e domande all'interno della psiche e della spiritualità dell'uomo.