Come fare un'elettroforesi su gel d'agarosio

L'elettroforesi su gel d'agarosio rappresenta una particolare ed importante tecnica che vi permette di separare facilmente dei frammenti di DNA opportunamente amplificati mediante il metodo della PCR. A seconda della loro lunghezza i frammenti rimarranno intrappolati nelle maglie formate dall'agarosio, un polisaccaride ricavato specificatamente da un alga, la quale forma un gel. Con questa guida verrà precisamente illustrato come preparare il gel e come far separare correttamente i vostri campioni di DNA. Ovviamente, svolgendo da soli questa particolare tecnica, avrete la possibilità di imparare tecniche estremamente utili ed innovative. Continuate, quindi, a leggere questa importante ed utile guida per apprendere in modo piuttosto semplice e veloce come fare un'elettroforesi su gel d'agarosio.

• agarosio
• apparato per elettroforesi
• bromuro di etidio
• guanti
• DNA amplificato da separare

Prima di tutto dovrete preparare il gel; la preparazione dipende da quanta concentrazione di Agarosio vi occorre per separare i frammenti di DNA amplificati con la PCR. Ad esempio, se dovete farlo all'1% aggiungete in una bottiglia 2 gr di agarosio in 200 mL di buffer TBE 0.5. Portate la bottiglia al microonde, portandola ad ebollizione.

Aggiungete il Bromuro di Etidio e agitate bene, il gel è così pronto per essere versato. Dovrà essere versato da caldo, perché a temperatura ambiente l'agarosio solidifica. Montate l'apparecchio per elettroforesi, aggiungete i pettinini e versate il composto facendolo solidificare. Quindi, aggiungete il TBE 0.5 che dovrà servire come buffer di corsa. Prima di caricare i campioni di DNA dovrete aggiungere per ognuno di loro un colorante-addensante, il tampone di caricamento.

Carica i campioni nei pozzetti con la pipetta gilson cambiandole sempre la punta quando passate da un campione all'altro, per non contaminare DNA diversi. Lasciate il primo pozzetto vuoto per caricare il marker. Caricate il marker, chiudete l'apparato da elettroforesi e imposta il voltaggio opportuno per quel tipo di apparato.

Ricordate che i pozzetti dovranno essere verso il polo negativo dell'apparato, perché avendo il DNA carica negativa, i frammenti dovranno migrare verso il polo positivo per separarsi.
Quando vedrai che i campioni hanno corso abbastanza, spegni l'apparato e visualizza il gel in un'opportuno dispositivo a raggi UV. Il Bromuro di Etidio si lega ed emette se colpito dai raggi UV, per cui grazie alla sua presenza potrete visualizzare i vostri frammenti separati nel gel.

• https://it.m.wikipedia.org/wiki/Elettroforesi_su_gel_di_agarosio
• http://apollo11.isto.unibo.it/Flight_Manual/3_Elettroforesi.htm