Durante la gelificazione, i polimeri di agarosio si associano non-covalentemente e formano una rete di pacchi, le cui dimensioni dei pori determinano le proprietà di setacciamento molecolare del gel. L'uso dell'elettroforesi su gel di agarosio ha rivoluzionato la separazione del DNA. Prima dell'adozione dei gel di agarosio, il DNA veniva principalmente separato mediante centrifugazione con gradiente di densità del saccarosio, che forniva solo un'approssimazione delle dimensioni. Per separare il DNA usando l'elettroforesi su gel di agarosio, il DNA viene caricato in pozzi pre-cast nel gel e viene applicata una corrente. La spina dorsale del fosfato della molecola di DNA e RNA è caricata negativamente, quindi quando collocati in un campo elettrico, i frammenti di DNA migreranno verso l'anodo caricato positivamente. Poiché il DNA ha un rapporto massa / carica uniforme. Il modello principale per il movimento del DNA attraverso un gel di agarosio è una "rettifica parziale", in cui il bordo anteriore avanza e trascina il resto della molecola.