I gel di poliacrilamide sono costituiti da due parti: il Separeting gel, detto anche lower, dove avviene la separazione elettroforetica e lo Stacking gel, dove avviene la compattazione dei campioni. Ora supponiamo che noi dobbiamo fare un Separating gel al 15%, 10 mL di soluzione sarà così composta: 2,5 mL di Tris-Hcl1,5M pH 8,8; 50 µL di SDS 20%; 4 mL di acrilamide 30%; 10 µL diTEMED; 100 µL di APS; acqua fino ad arrivare a volume.
Aiutandoci con una pipetta Pasteur e cercando di non creare bollicine, versiamo la soluzione tra le due lastrine verticali che costituiscono l'apparecchio elettroforetico separate da uno spaziatore che ci consentirà di polimerizzare gel di spessore diverso (fino a 1,5mm) e attendiamo la polimerizzazione. Mentre il separeting polimerizza, procediamo con la preparazione dello stacking o altrimenti detto upper. 10 mL di soluzione sarà così composta: 2,5mL diTris-Hcl 0,5M pH6,8; 50 µL di SDS 20%; 2 mL di acrilamide 30%; 10 µL di TEMED;100 µL di APS; acqua fino ad arrivare a volume.