Gli alleli vengono rappresentati con una lettera. Per chi non lo ricordasse gli alleli sono le due copie di un gene. La lettera sarà maiuscola se il gene e dominante, sarà invece minuscola se il gene è recessivo. Per capire meglio il funzionamento del quadrato di Punnett prendiamo un esempio. L'allele per il seme liscio sia indicato con la lettera "A", mentre l'allele per il seme rugoso con "a". Prendiamo un altro carattere come il colore rosso, che indicheremo con B, e il colore bianco indicato con b. Noi già sappiamo che l'insieme degli alleli che determinano un carattere è detto genotipo, mentre è definito fenotipo la caratteristica che i genotipi determinano. Introduco una piccola parentesi per ravvivare la vostra memoria: se due alleli di uno stesso genotipo sono uguali, cioè AA, l'individuo è omozigote. Invece se i due alleli sono diversi, Aa, allora esso è eterozigote.
