Si consideri un caso dove sono presenti tre alleli (A¹, A², A³) a un locus. Per calcolare la frequenza allelica si usa lo stesso metodo applicato prima nel caso di due alleli; per ciascun tipo si esegue la somma del numero di alleli e viene diviso per la popolazione:
p = f (A¹) = (2 x n° di A¹) + (A¹A²) + (A¹A³) / (2 x n° totale di individui).
Si applica la stessa formula per A² e A³.
Per il metodo delle frequenze genotipiche viene fatta la somma tra la metà della funzione omozigote alla metà di quella eterozigote:
- p = f (A¹) = f(A¹A¹) + [f(A¹A²)]/2 + [f(A¹A³)]/2.
Lo stesso calcolo viene eseguito su A² e A³.