Una volta comprese le nozioni di punto isoelettrico ed amminoacido, è possibile trattare il metodo di calcolo. Come detto in precedenza, calcolare il punto isoelettrico richiede di fare la media dei PK. La formula da impiegare è quindi PI = (PK1 + PK2) / 2. Prendendo come esempio la fenilalanina, tale amminoacido presenta un PK1 = 2,58 ed un PK2 = 9,24. Sostituendo i valori alla formula citata, si ottiene PI = (2,58 + 9,24) / 2 = 5,91. Non essendo un amminoacido di tipo neutro, la fenilalanina avrà un punto isoelettrico maggiore di zero. Il procedimento appena illustrato risulta veramente semplice. Questo perché nella struttura dell'amminoacido considerato è presente un gruppo R, ovvero una catena laterale non polare.