La decisione di Comte di sviluppare una filosofia di matematica, una filosofia della fisica, una filosofia della chimica e una filosofia della biologia, lo rende il primo filosofo della scienza nel senso moderno e la sua costante attenzione alla dimensione sociale della scienza risalta per molti aspetti con i punti di vista attuali. La sua filosofia politica, d'altra parte, è ancora meno conosciuta, perché si differenzia sostanzialmente dalla filosofia politica classica che abbiamo ereditato.
Le opere più importanti di Comte sono il Corso sulla filosofia positiva (1830-1842, sei volumi, tradotto e condensato da Harriet Martineau come Filosofia positiva di Auguste Comte); il Sistema di Polite Positiva o Trattato di Sociologia, Istituzione della Religione Umanitaria (1851-1854, quattro volumi); i primi scritti (1820-1829), dove si può vedere l'influenza di Saint-Simon, per i quali Comte è stato segretario dal 1817 al 1824. I primi scritti sono ancora la migliore introduzione al pensiero di Comte. Nel corso, Comte ha detto: la scienza è stata trasformata in filosofia; Nel sistema, la filosofia è stata trasformata in religione.