Il concilio ebbe inizio il 13 dicembre 1945 a Trento. Anche la scelta della città non fu casuale, infatti la città era stata scelta poiché, pur essendo italiana, era all'interno dei confini dell'Impero. Nei diciotto anni di concilio possiamo individuare tre fasi. La prima alla presenza di pochi prelati si dibatté su problematiche dottrinali come il battesimo e il peccato originale, con un occhio di riguardo a contrastare il pensiero protestante e calvinista. I lavori si interruppero per via degli scontri fra l'imperatore e il Papa. Con la morte di Paolo III, il suo successore Giulio III riaprì subito i lavori, che vide un'estensione della partecipazione ai vescovi - imperiali. In questa fase si diede maggiore importanza al resto dei sacramenti e all'eucaristia. Proprio sull'unzione degli infermi e sulla penitenza vi erano i maggiori scontri con Lutero. I combattimenti fra le truppe imperiali e i principi protestanti sospesero nuovamente il concilio. Nel 1955 morì Giulio III, al quale susseguirono prima Marcello III e poi Paolo IV ma entrambi, per motivi diversi non riaprirono i lavori, cosa che fece Palo IV nel 1595. In questa terza fase i passaggi principali riguardavano il matrimonio e il suo annullamento, oltre che il culto dei santi, delle reliquie e delle immagini sacre. Con la bolla "Benedictus Deus" emanata il 30 giugno 1564 Pio IV approvò tutti i decreti conciliari e chiuse i lavori.