Il glutammato rappresenta il vettore non tossico dei gruppi amminici e provvede a fornire lo ione ammonio che è utilizzato nella sintesi iniziale della carbamoilfosfato. Il fumarato rilasciato nel citoplasma viene quindi convertito durante la fumarasi citosolica in ossalacetato citosolico, generando di conseguenza una ridotta NADH. L'ossalacetato è invece uno degli acidi cheto preferito dalle transaminasi che viene trasformato in aspartato, mantenendo sempre il flusso di azoto nel ciclo dell'urea. Inoltre due NADH sono in grado di fornire l'energia sufficiente per la formazione di 4 ATP (mentre un NADH citosolico fornisce solo 1,5 ATP alla navetta di glicerolo-3-fosfato). Questo processo consente quindi la produzione netta di un legame di fosfato ad alta energia per il ciclo dell'urea. Tuttavia, se è in corso la gluconeogenesi nel citosolico, quest'ultimo equivalente viene utilizzato per pilotare l'inversione della fase GAPDH invece di generare ATP. Gli enzimi del ciclo che restano vengono controllati dalle concentrazioni dei loro substrati, in modo tale che le carenze ereditate diverse ossia ARG1 non comportino una diminuzione della produzione di urea.